Webové stránky používají k poskytování služeb, personalizaci reklam a analýze návštěvnosti soubory cookies. Informace, jak tyto stránky používáte, jsou sdíleny se společností Google. Používáním souhlsíte s použitím souborů cookie. Více informací. Rozumím Pro správné fungování webu si zapněte javascript.

Informatické myšlení

 

V současnosti pracuje na katedře biologie Přírodovědecké fakulty Univerzity Hradec Králové. Specializací Radky Symonové je molekulární evoluce genomu obratlovců, zejména ryb. Dříve se zabývala mimo jiné tzv. synchrotronovou holotomografií – velmi sofistikovanou moderní metodou vizualizace biologického materiálu, což ji přivedlo k něčemu více než je jen uživatelská informatika. Nyní je řešitelkou dvou evropských projektů v oblasti bioinformatiky. Od dokončení doktorského studia zoologie a evoluční biologie na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy v Praze tak prodělala přerod z „bílé biologie“ (v bílém plášti v laboratoři) na člověka, který řeší zásadní vědecké otázky téměř v počítači a zkumavky a laboratorní přístroje vyměnila za příkazovou řádku a celosvětové databáze.

Váš obor je pro běžného člověka asi těžké pochopit. Čím jsou ryby zajímavé?

Ryby jsou naprosto úžasné v tom, že v jejich buněčném jádru je zachována historie genomu všech ostatních obratlovců, respektive to, jakými mechanismy se z velmi jednoduchých strunatců (pra-obratlovců) mohly vyvinout komplexní vyšší organismy, jako jsou obojživelníci, plazi, ptáci a konečně i savci. Takže prostřednictvím ryb lze velmi dobře zkoumat molekulární mechanismy, které v dávné historii využili ve svém vývoji vyšší živočichové.

Kdy jste se rozhodla pro studium biologie? DSC 0864 2

Brzo. Už někdy ve dvanácti/čtrnácti letech. Brala jsem biologii jako samozřejmost a součást mého života.

V pubertě jsou dívky nejvíce náchylné k tomu, že ztratí zájem třeba zrovna o vědu. Někdy i s přičiněním okolí. Zažila jste, že by vám blízcí říkali, že věda není nic pro holky? 

To fakt ne. Do toho jsem si nenechala mluvit. Příroda mě vždy fascinovala a možnost pochopit principy jejího fungování pro mě byla natolik lákavá, že mě nikdy nenapadlo dělat něco jiného něž biologii.

Byl ve vašem životě nějaký zlomový okamžik směrem k vědnímu oboru? 

Právě v primě na gymnáziu se mi jednou v řece v ruce rozpadl kámen a v něm byla zkamenělina. Tak jsem šla proti proudu a našla skálu, která tvořila stěnu, břeh řeky. Na té stěně jsem strávila několik svých gymnaziálních let, naučila se spoustu zajímavostí o křídovém moři, které u nás dřív bylo, a pak z toho udělala SOČku (střední odborná činnost – pozn. red.). Bylo prostě fantastické mít ve vlastních rukách stopy dávno vymřelých, navíc mořských organismů, a zkoumat je. 

Byl pro vás někdo ve vědě vzorem? 

Měla jsem velké štěstí na osobnosti na Přírodovědecké fakultě UK v Praze, pak v Mnichově a různě po světě. Je fantastické naslouchat různým bardům, kteří toho vědí strašně moc. Už na gymplu jsem si psala dopisy s nynější docentkou Katkou Holcovou z paleontologie v Praze a navštívila jsem dr. Stanislava Čecha v Geologickém ústavu na Klárově. Tehdy mě překvapilo, jak byli strašně vstřícní a přátelští a brali mě jako rovnocenného partnera v našem bádání. Tak se také snažím být přátelská k nadšeným studentům a studentkám.

Jak důležitá je pro vás ve vašem oboru informatika? 

Biologie bez informatiky dnes prakticky nemůže existovat. Zejména ta biologie, která se zabývá sekvencemi DNA, RNA nebo proteinů, a to je v podstatě skoro celá biologie. V mém oboru – evoluce genomu (evoluční genomika) – je bioinformatika naprosto neodmyslitelný nástroj.

Jakou úroveň znalostí musíte v informatice mít?

Je to bioinformatika. Dalo by se velmi zjednodušeně říci, že je to hledání motivů a „počítání“ písmenek v DNA (tj. A, T, G, C). Linux je samozřejmostí, k tomu Python a R jsou dost důležité. Další věc je práce s databázemi a vlastně i přehled o tom, jaké databáze existují a co nabízejí – jsou jich stovky. Člověk pak nemusí ta data, čili sekvence sám vytvářet v laboratoři. Stačí vědět, kde a jak ta data stáhnout.

Kde jste se naučila pokročilým dovednostem v IT?

Stále se učím, jezdím na různé kurzy po Evropě, teď jsem právě v Berlíně na kurzu fylogenomiky. Je to neverending story. Technologie sprintují stále dopředu a pořád rychleji. Takže úplně stejně jako Červená královna v Alence člověk musí běžet, aby vůbec udržel krok s vývojem a mohl zůstat na stejném místě, resp. úrovni. V IT platí tzv. Moorův zákon, že každých zhruba 18 měsíců se zdvojnásobí výpočetní výkon počítačů. V biologii se množství dostupných dat zdvojnásobí každý rok! Takže IT jsou vlastně ve svém vývoji pozadu za biologií, tedy pokud jde o tempo, kterým biovědy produkují svá data. Biologie bude mít brzy problém s tím obrovským množstvím dat a jejich správou a udržováním v databázích. Financování těchto celosvětových databází je velmi nákladné, ani si to neumím představit. Už nyní se nacházíme nejen v biologii v době tzv. datové exploze. IT nás z této situace musí zachránit – řešením se zdá být obor „big data science“. 

Pojďme teď trochu odbočit ke škole. Jak na tom podle vás český školský systém je? Kde jsou jeho přednosti a kde vidíte nedostatky?

Myslím, že největší průšvih je, že děti nechodí rády do školy a moc je to tam nebaví. Moje vzpomínky na gymnaziální léta taky nejsou úplně nejlepší. Spousta věcí mě ubíjela a taky hodně nebavila. Měla jsem averzi k matematice a teď ji potřebuji jako sůl. Jenže tehdy jsem nevěděla, že matematika může být důležitá i v biologii. 

Naopak předností jsou nadšení kantoři. Přednáším moderní biologii (epigenetiku) pro středoškolské pedagogy v rámci jejich dalšího vzdělávání. Je to o dost jiná intenzita zájmu o věc než mezi studenty na UHK. S pedagogy je radost pracovat – na ten kurz přijdou jen ti, které téma opravdu zajímá, o věci přemýšlí, živě diskutují. Kolikrát se ptají na věci, které mě samotnou ani nenapadnou, protože nad nimi nepřemýšlím nebo je vnímám z jiného úhlu pohledu. Je to motivující. 

Víte, jak se dnes učí informatika na základních a středních školách? Víte, jaký je obsah učiva? 

To moc netuším, jen něco málo od desetiletého synovce ve 4. třídě. Běží různé zvěsti, že v nových rámcových vzdělávacích plánech středních škol má být výuka jazyka Python, což je výborná zpráva. Třeba na hradeckém Gymnáziu Boženy Němcové už Python učí. Na UHK se snažíme tamějším pedagogům vyjít vstříc a ukázat jejich studentům, jak je dobré učit se Python a jaká je to výhoda pro jejich budoucnost. Chceme je pozitivně motivovat a třeba i naladit směrem k bioinformatice – ukázat jim, že třeba není nutné se rozhodovat mezi studiem IT a biologie nebo biomedicínských oborů. Že kombinaci těchto oborů mohou najít v bioinformatice. 

Myslíte, že nastal čas na to, aby se děti učily i jiné dovednosti v předmětu informatika? Pokud ano, jaké by to měly být? 

Určitě programovat. Jedna kolegyně na univerzitě v Berlíně mě pobavila, když mi řekla, že její „native language je R a matlab“. Třeba u jazyka Python je kromě matematiky důležitá i angličtina, jako obecně v IT a v moderních technologiích. Mohla by to být šance, jak nějak fyziologicky propojit výuku angličtiny, matematiku a umělý jazyk jako je třeba právě Python. Tím by se dalo ukázat dětem, že angličtina je strašně důležitá stejně jako matematika a že když budou dobré v těchto předmětech, mohou svých znalostí efektivně využít ve zvládnutí umělého jazyka. Čímž si otevřou nejen nové obzory, ale i obrovské možnosti uplatnění. Třeba bioinformatika nabízí propojení IT s medicínou, biomedicínou, biologií, farmacií atd. V budoucnu budou děti říkat: „hi, I am Czech and my native language is Python“, což bude znamenat, že mateřským jazykem je čeština, z cizích jazyků umí perfektně angličtinu a jako umělý jazyk mají první Python.

Jaké jsou vaše další plány v profesním životě? 

Učit se programovat a ochočit si příkazovou řádku. Mluvím anglicky a německy, tak bych byla ráda, abych v budoucnu mohla mezi mé jazykové kompetence uvádět právě Python a R. Je to taky výborná prevence před demencí a Alzheimerem. To myslím naprosto vážně. Protože jsem právě získala individuální stipendium v rámci Horizon 2020, tak si na 2 roky odskočím na Technickou univerzitu do Mnichova a částečně na Dánskou technickou univerzitu do Kodaně. Tam na specializovaných bioinformatických pracovištích budu mít možnost rozvíjet své téma a ladit metody (mj. i programování) na té nejlepší úrovni. Pak se uvidí, co bude dál. 

Autor: Jan Schönbauer

Sdílejte akci:

Nejnovější články přímo do vaší e-mailové schránky

Zůstaňte v obraze


© Copyright 2018 Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích. Vyrobil Rexonix, corporate design Helena Jiskrová. Pravidla ochrany osobních údajů